だいたいは CSS が有効になっているが見ての通りの状況。
どうも参考にしていたテンプレは、テンプレのテンプレ（MTが言語に応じてテンプレ内の項目を設定する前のテンプレ）のようだ。ちょっと困ったなぁ……。
と、思ったら MT3.2 にはデフォルトのテンプレートを吐く Template Backup and Refresh プラグインが標準添付されているので、これを使ってみたらあっさりできた。んで、それとの diff を取って index はなんとか元に戻った状況です。他のものについて随時やっていくということで。
Template Backup and Refresh プラグイン
http://www.sixapart.jp/movabletype/beta/2005/09/template_backup.html